魔を断つ巨大ロボット「デモンベイン」で邪神の陰謀を打ち砕いた大十字九郎(主人公)とアル・アジフは、歴史の修正された新しい世界で怪事件を専門とする魔導探偵として活躍していた。しかし、ミスカトニック大学の秘密図書館から魔導書「ネクロノミコン」が盗み出されたことによって、新たな怪異に巻き込まれる。
歴史の修正されたこの世界では存在しないはずの犯罪結社「ブラックロッジ」の大幹部の出現、怪異に導かれるように現れた「二闘流(トゥーソード/トゥーガン)」の2つ名を持つ少年に、紅の少女。
はたして、アーカムシティでは何が起ころうとしているのか……?